La chiesa di San Michele Arcangelo (1790), costruita sui resti del Tempio pagano di Marte, ha struttura ad unica navata e venne adattata nel 1587 per ospitarvi le monache benedettine. Nonostante sia stata rimaneggiata nel corso dei secoli XVI e XVII conserva una torre campanaria a vela, unica nel suo genere in tutto il Lazio. All'interno della chiesa si conservano molti affreschi del 1600, altri di notevole interesse (1200) sono conservati nella Cripta sottostante.

Il culto dell'arcangelo Michele (impropriamente ma tradizionalmente equiparato ad un Santo) è di origine orientale. L'imperatore Costantino I a partire dal 313 gli tributò una particolare devozione, fino a dedicargli il Micheleion, un imponente santuario fatto costruire a Costantinopoli. La prima basilica dedicata all'arcangelo in Occidente è quella che sorgeva su di una altura al VII miglio della Via Salaria, ritrovata dalla Soprintendenza Archeologica di Roma nel 1996; il giorno della sua dedica, officiata con ogni probabilità da un Papa prima del 450, ovvero il 29 settembre, è rimasto fino ad oggi quello in cui tutto il mondo cattolico festeggia "San Michele". La basilica "in Septimo" fu meta di pellegrinaggi fino al IX secolo, quando il riferimento geografico della festa del 29 settembre risulta trasferito al santuario garganico e alla chiesa di Castel Sant'Angelo a Roma.
In Oriente san Michele è venerato con il titolo di "archistratega", che corrisponde al titolo latino di princeps militiae caelestis (principe delle milizie celesti) che compare nella preghiera a San Michele.
Alla fine del V secolo il culto si diffuse rapidamente in tutta Europa, anche in seguito all'apparizione dell'arcangelo sul Gargano in Puglia. Secondo la tradizione, l'arcangelo sarebbe apparso a san Lorenzo Maiorano, vescovo di Siponto l'8 maggio 490, ed indicatagli una grotta sul Gargano lo invitò a dedicarla al culto cristiano. In quel luogo sorge tutt'oggi il Santuario di San Michele Arcangelo - Celeste Basilica - (nel mezzo del nucleo cittadino di Monte Sant'Angelo), che nel Medioevo fu meta di ininterrotti flussi di pellegrini, i quali per giungervi percorrevano un percorso di purificazione lunga la Via Francigena.
Fin dal VII secolo i pastori pugliesi che si recavano in transumanza sulla Maiella portarono con loro il culto di San Michele Arcangelo. A Lettomanoppello a circa 750 mslm c'è un'ampia grotta in cui è collocata una statua in pietra del santo particolarmente venerata nei secoli passati da tutti i lettesi (abitanti di Lettomanoppello) che, ogni anno, l'8 di maggio si recavano in processione dal paese fino alla grotta per celebrarvi messa. Pietro da Morrone, futuro Papa Celestino V, ai piedi della grotta costruì una piccola cappella. Attualmente nella grotta è collocata una copia della statua in quanto quella originale, poiché di notevole valore storico-artistico (nonché economico) dopo un tentativo di furto è custodita presso il Museo delle Genti d'Abruzzo a Pescara.
Nella vita di papa Gregorio I riportata dalla Leggenda aurea, si narra che durante una tremenda pestilenza, al termine di una processione con il canto delle litanie istituite dal papa intorno alla città di Roma, Gregorio vide apparire su Castel Sant'Angelo San Michele che deponeva la spada nel fodero, segno che le preghiere erano state ascoltate e che la terribile epidemia sarebbe cessata. Per commemorare l'episodio sul monumento fu eretta una statua raffigurante l'arcangelo.
Altro luogo di venerazione dell'arcangelo Michele è l'isolotto francese di Mont Saint-Michel. Qui, secondo la leggenda, l'arcangelo Michele apparve nel 709 a sant'Uberto, vescovo di Avranches, chiedendo che gli fosse costruita una chiesa sulla roccia. Il vescovo ignorò tuttavia per due volte la richiesta finché san Michele non gli bruciò il cranio con un foro rotondo provocato dal tocco del suo dito, lasciandolo tuttavia in vita. Il cranio di sant'Uberto con il foro è conservato nella cattedrale di Avranches.
Molto caro ai russi assieme all'arcangelo Gabriele e oggetto di diverse icone. Un monastero del XII secolo a lui dedicato, costruito sulla foce della Dvina, ha dato il nome all'intera città di Arcangelo, nel nord della Russia.
Il culto di san Michele fu assai caro ai Longobardi, e in Italia l'arcangelo Michele è patrono di molti paesi e alcune città.
Il culto fu caro anche a San Colombano ed ai monaci colombaniani di Bobbio, lo stesso santo monaco missionario irlandese fondò numerose chiese dedicati al santo nella sua opera evangelizzatrice in Europa ed eresse nel 615 l'Eremo di San Michele di Coli poco distante da Bobbio e dalla sua abbazia.
San Michele viene invocato per la buona morte ed è il protettore dei paracadutisti, commercianti, maestri d'arme, poliziotti, merciai, speziali, fabbricanti di bilance e schermidori È curiosa la storia di Cerveteri:Si racconta che l'8 maggio dell'842 i Saraceni,attratti da Cerveteri,tentarono un'incursione,ma dopo aver fatto pochi metri furono gradualmente avvolti in una fittissima nebbia.I Saraceni comunque non si arrestavano,poiché erano guidati dal suono della campana che avvisava i cittadini del pericolo.Ad un certo punto,però,le campane si fermarono improvvisamente,lasciando sbigottito lo stesso campanaro,e così i saraceni furono costretti a tornare alle loro navi,avendo perso l'ultima speranza di orientamento.Non vi furono dubbi sulla causa:il massimo difensore della fede non aveva permesso che venisse profanato un luogo a lui caro,dato che lasciò anche le sue impronte sulla campana.
La festa si celebra normalmente il 29 settembre, ma anche l'8 maggio, ricorrenza dell'apparizione.