Fondata dal preposto Adiutorio nel 1208, la chiesa fu in origine dedicata a San Giovanni, così come attestato nel diploma di Innocenzo III dello stesso anno, che la cita come chiesa di “Sancti Ioannis supra muro de medio”.
Nel 1280 venne ampliata per opera del ricco Cicchillo, che completò la facciata erigendo due torrioni laterali.
A seguito del rovinoso terremoto del 1349 la chiesa fu distrutta con grosso fragore.
Nel 1405 fu realizzato un campanile dotato di quattro campane, di cui una più piccola utilizzata per segnare le ore.
Nel corso del XVI secolo fu ampliata con cappelle laterali e dotata di una nuova sacrestia e dell’organo.
Nel seicento aveva tre cappelle dedicate al SS. Rosario, a San Giovanni Battista, a San Giuseppe, cui si aggiunsero in seguito le cappelle del SS. Crocefisso e della Madonna di Loreto.
Nel 1632 G.P.M. Castrucci scriveva che vi era “una chiesa bene officiata dal signor preposto, e canonici in numero di dieci, i quali sono della chiesa della Beata Vergine e di San Marco martire, la quale è prepositura, e risiedono in quella per maggio comodità del popolo, pur essendo dentro la terra”.
Nel 1743, per darle maggiore decoro ed importanza, vennero traslati i resti mortali di San Fortunato Martire, nuovo co-patrono della Città.
Secondo l’iconografia del tempo la statua lo raffigurava giovinetto, con in dosso un’armatura da soldato romano e in posizione distesa perché immerso nel “sonno” dei martiri.
La nuova chiesa venne consacrata nel 1746. Sotto l’Episcopato di Giuseppe De Mellis (1798-1811) fu impreziosita “con nobile facciata”, mentre la casa contigua fu trasformata in “palazzo e abitazione degne del Vescovo”.
A seguito dei bombardamenti del 1943 la “Cattedrale” venne gravemente danneggiata: crollò la cupola, andarono persi altari, preziosi dipinti e alcune statue, tra cui quella di San Fortunato.

La forma architettonica,
L’attuale struttura risale al XVIII secolo ed è databile tra il 1725 e il 1760. Gli interventi riguardarono la costruzione della cupola ed il rifacimento della facciata esterna completata dal Vescovo di Aquino Giuseppe De Mellis tra il 1798 ed il 1811, il cui balcone, l’andamento curvilineo dei cornicioni e le volute che sovrastano le torri ed incorniciano le nicchia di San Giovanni, evidenziano un’eleganza squisitamente barocca.
All’interno sono interessanti gli affreschi di Teodoro Mancini (1796-1868), eccellente artista atinate allievo del Canova.
A seguito dell’ultima guerra, molte opere sono andate perse. Tra le superstiti vanno ricordate la pittura dedicata a San Tommaso D’Aquino nella volta del presbiterio, la Trasfigurazione e San Giovanni Battista nella volta della navata centrale, San Luca e San Matteo nei pennacchi della cupola. Gli altri affreschi sono stati realizzati da Vincenzo Galloppi nel 1904.