La Chiesa di San Sebastiano è presente nei documenti diocesani relativi alla Sacra Visita del Vescovo Vincenzo Lanterni del 1629.
Nel registro è riportato che la Chiesa, ubicata presso “le mura della Terra di Arnara” e detta “filiale” della Chiesa arcipresbiteriale, era unita con i suoi beni alla Confraternita laicale del SS. Sacramento.

Nel volume pergamenaceo della Sacra Visita dell’anno 1731 si apprende che la Chiesa era stata ricostruita fin dalle fondamenta a cura dell’arciprete Giuseppe Stefani, con l’aggiunta di un piccolo coro, di alcune “mansioni per abitazioni” e del nuovo altare laterale dedicato a San Francesco di Assisi. La struttura dell’intera “fabbrica”, secondo la fonte, doveva presentarsi “moderna ed elegante”.

In occasione delle Sacre Visite successive, soprattutto in quella del 1801, si legge di alcune disposizioni date dal vescovo circa le riparazioni da eseguire sul tetto, sulla porta laterale e sulla finestra. Nella stessa occasione, inoltre, viene proibito di introdurre nella Chiesa ogni sorta di sementi e di arnesi da lavoro agricolo, al fine di assicurare il necessario rispetto e la venerazione del luogo sacro.

Il portale, come tutta la facciata, risale al rifacimento del‘700 e s’inserisce perfettamente nel contesto dell’architettura tardo barocca, in cui questi oggetti assumono un preciso significato di passaggio da uno spazio profano ad uno sacro; inoltre, esso si configura come «macchina» di propaganda del potere nobiliare, anche negli impianti liturgici. Negli “Atti” diocesani del 1800 e 1900 non si rinvengono altre notizie di rilievo a propos